Действие Deux Ex: Invisible War разворачивается спустя двадцать лет после событий, отражённых в первой части игры. Вы по-прежнему выступаете в роли Алекса, которому и на этот раз предстоит бороться со злом. После глобальных миров катастроф, произошедших в результате технологического прорыва, человечество начало восстанавливать мир буквально из пепла. Подобным моментом естественно захотели воспользоваться некоторые политические и религиозные группы. Они-то отлично понимают: строй, создаваемый сейчас, продержится десятилетия, а то и сотни лет. И если найти себе место под солнцем сейчас - можно не знать проблем всю оставшуюся жизнь. Но какой ценой? Ценой людских страданий? Ценой десятков, нет... сотен тысяч жизней? Алекс не может этого допустить.